En plus des actions d’animation propres des pôles scientifiques et du pôle ingénierie, des groupes transverses ont pour rôle de favoriser les interactions entre équipes et services de pôles différents. Leur périmètre est un ensemble de projets/activités sur un thème qui est par nature transverse aux pôles. Créés pour trois ans sur décision du directoire, ils possèdent chacun un ou plusieurs animateurs et un budget d’animation. Ces groupes peuvent être de nature plus scientifique et, dans ce cas, ils se rapprochent de la notion de GDR (Groupement de Recherche) CNRS, ou ayant une forte connotation technique en impliquant de façon importante du personnel technique du pole ingénierie, accélérateur ou des plateformes.